Para siswa kembali saat sekolah kembali pada sesi untuk semester kedua. Setelah eksploitasi mereka di pulau selama liburan musim panas, Kelas 3-E terus mengasah pedang mereka dengan pandangan mereka tertuju pada guru mereka, Koro-sensei yang licin. Mereka memiliki lebih banyak hal yang perlu dikhawatirkan daripada hanya guru mereka, namun, karena pembunuh musuh, baik yang lama maupun yang baru, siap untuk mendapatkan hadiah yang lebih besar di kepala gurita.

Selain itu, saingan mereka di Kelas A, serta kepala sekolah SMP Kunugigaoka yang menakutkan, menghalangi Kelas E untuk mencapai keunggulan akademis. Dengan semua rintangan yang menentang mereka, kelompok tersebut harus terus bekerja sama untuk mengatasi musuh mereka dan mencapai tujuan mereka untuk berhasil membunuh guru mereka.