Dengan semua Kartu Clow direbut kembali dan diubah menjadi Kartu Sakura miliknya sendiri, Sakura Kinomoto sekarang memasuki tahun pertamanya di Sekolah Menengah Tomoeda. Setelah hari pertamanya di kelas, Sakura bersatu kembali dengan cintanya Shaoran Li, yang memberitahunya bahwa dia akan pindah kembali ke Tomoeda secara permanen. Sangat mengejutkannya, bahkan ternyata Shaoran akan bersekolah di sekolah yang sama dan sepertinya kehidupan Sakura sedang menuju ke arah yang benar.

Namun, ketika Sakura pergi tidur, dia bertemu dalam mimpinya sosok berjubah misterius dan menemukan dirinya dikelilingi oleh kartu transparan. Bangun dalam ketakutan, Sakura terkejut melihat mimpinya menjadi kenyataan, dengan Kartu Sakura telah menjadi jelas. Pertemuan seperti mimpi yang berkelanjutan dengan musuh tak dikenal dan dia mendapatkan kunci ajaib baru menyiapkan panggung untuk petualangan terbaru Cardcaptor Sakura!