Setelah bertahun-tahun perang tanpa hasil antara empat alam Gamindustri (Planeptune, Lastation, Lowee dan Leanbox) karena energi Berbagi, sumber kekuatan mereka berdasarkan pada seberapa besar kepercayaan rakyat mereka pada dewi mereka, keempat CPU yang menguasai mereka akhirnya menandatangani perjanjian persahabatan. Perjanjian tersebut melarang segala upaya untuk mengklaim Berbagi energi melalui kekuatan militer, dengan harapan membawa perdamaian dan kemakmuran ke dunia mereka. Namun, sebulan setelah perjanjian tersebut, Neptunus, Dewi CPU Planeptunus, menghabiskan waktunya untuk bersenang-senang dan bermain game daripada melakukan pekerjaannya, membuat Saham tanahnya anjlok.

Choujigen Game Neptune The Animation mengikuti upaya Neptunus dan teman-temannya untuk meningkatkan Saham, sambil menghadapi ancaman eksternal yang dapat mengeja akhir dari Dewi dan Gamindustri itu sendiri …