Satu tahun telah berlalu sejak Pemberontakan Hitam, pemberontakan yang gagal melawan Kerajaan Britania Raya yang dipimpin oleh Zero yang main hakim sendiri, yang sekarang hilang. Merugi tanpa pemimpin revolusioner mereka, kelompok perlawanan Area 11 — Ksatria Hitam — mendapati diri mereka terlalu tidak berdaya untuk memerangi kebrutalan yang ditimbulkan pada Elevens oleh Britannia, yang telah meningkat secara signifikan untuk menghancurkan harapan akan pemberontakan di masa depan.

Lelouch Lamperouge, setelah kehilangan semua ingatan tentang kehidupan gandanya, hidup dengan damai bersama teman-temannya sebagai siswa sekolah menengah di Akademi Ashford. Mantan partnernya, CC, tidak dapat menerima pergantian peristiwa ini, mengambilnya sendiri untuk mengingatkannya pada tujuan masa lalunya, berharap dalang Zero akan bangkit sekali lagi untuk menyelesaikan apa yang dia mulai, dalam kesimpulan yang mendebarkan dari seri ini.