Suatu hari, sebuah UFO besar berputar di atas Jepang dan menabrak lahan pertanian pedesaan di luar Nagaoka, mengganggu kehidupan sehari-hari Tsubasa Misudachi. Saat Gatchaman, pembela legendaris Kota Tachikawa, mengawasi cobaan itu, makhluk asing yang damai muncul dari pesawat luar angkasa. Dalam kekacauan yang terjadi selanjutnya, Tsubasa diberi sebuah notebook berteknologi tinggi khusus, atau NOTE, dari pendiri Gatchaman J.J. Robinson, menandakan perekrutan mendadak Tsubasa ke dalam grup mereka. Di bawah asuhan sesama pahlawan Hajime Ichinose, Tsubasa perlahan mulai menyesuaikan diri dengan kehidupan sebagai pembela keadilan.

Sementara itu, teknologi CROWDS, yang memungkinkan pengguna untuk mewujudkan kesadaran mereka ‘ke dalam bentuk fisik, sedang menyebar di kalangan publik, serta didukung oleh Perdana Menteri Sugayama. Namun, organisasi misterius yang dikenal sebagai VAPE telah menjadi terkenal dengan menggunakan CROWDS merah unik untuk mendatangkan malapetaka, menggeser opini publik yang menentang teknologi CROWDS. Gatchaman, bersama dengan rekrutan baru Tsubasa, harus menghentikan aktivitas destruktif mereka sebelum terlambat.